El HA cuenta con más de 7000 colecciones de aproximadamente 1500 especies de plantas de la flora regional pertenecientes a 200 familias vegetales ordenadas sistemáticamente.Toda esta información ha sido sistematizada en una base de datos vinculada a un Sistema de Información Geográfica con más de 40 capas digitales, entre ellas, clima, topografía hidrografía, distribución de especies, formaciones vegetales, endemismo, erosión, áreas protegidas, deforestación, etc.

Se dispone de una importante colección de la flora de los bosques nativos, de Azuay y Cañar, con énfasis en la cuenca del río Paute (más de 60 localidades, incluidos 19 bosques protectores), Mazán, Llaviucu, Dudas Mazar, los páramos de Moriré y del bosque montano más diverso del país en la actualidad: "La Reserva Libertad". Se cuenta también con importantes especimenes de los páramos de Nabón, frutales nativos comestibles, las plantas del jardín botánico e histórico Atocha la Lira de Ambato, Parque Nacional el Cajas, entre otros.